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Facturation électronique et TVA des OPCO : ce qui change pour vos formations au 1er octobre 2026

Deux rescrits fiscaux rendent les OPCO assujettis à la TVA au 1er octobre 2026. Conséquence directe : la plupart d'entre eux cessent de payer les organismes de formation à votre place. Votre entreprise devra avancer la facture TTC, puis se faire rembourser le montant HT. Le point sur le calendrier, les exceptions et la position de chacun des 11 OPCO, avec les dates limites à ne pas rater en septembre.

Facture électronique affichée à l’écran dans un service comptable

D'où sort cette réforme ?

Pas d'une loi, ni d'un décret. Deux rescrits de la Direction de la Législation Fiscale (DLF), datés de mi-novembre 2025 et mi-février 2026, ont conclu que les OPCO rendent des services (à France Compétences, aux cofinanceurs, et aux entreprises pour les frais de gestion des versements volontaires et conventionnels) et sont donc assujettis à la TVA.

Le changement devait s'appliquer au 1er janvier 2026. Après un courrier commun des présidences paritaires de 10 OPCO au ministre du Travail le 19 novembre 2025, Bercy a accordé un report au 1er octobre 2026, un mois après l'entrée en vigueur de la facturation électronique. Seule exception au report : les frais de gestion facturés par les OPCO à France Compétences supportent la TVA depuis le 1er janvier 2026.

Neuf OPCO ont officialisé la bascule dans un communiqué commun le 16 avril 2026. Deux opérateurs manquent à l'appel, et ce n'est pas un oubli : OPCO Santé et Uniformation ont renouvelé leur exonération de TVA et ne sont pas concernés. Si votre entreprise relève de l'un des deux, rien ne change pour vos dossiers.

Le calendrier à retenir

  • 1er septembre 2026 : toute entreprise assujettie à la TVA doit pouvoir recevoir des factures électroniques via une plateforme agréée (formats Factur-X, UBL ou CII). Les grandes entreprises et les ETI doivent aussi en émettre.
  • 1er octobre 2026 : les nouvelles règles de TVA s'appliquent aux OPCO. La subrogation de paiement disparaît pour la plupart des dispositifs.
  • 1er septembre 2027 : l'obligation d'émission s'étend aux PME, TPE et micro-entreprises.

Ces deux réformes sont juridiquement distinctes : la facturation électronique repose sur l'article 289 bis du CGI, la TVA des OPCO sur des rescrits. Leurs calendriers ont en revanche été volontairement alignés.

Qui paie qui à partir du 1er octobre ?

Jusqu'ici, la subrogation permettait à votre OPCO de régler directement l'organisme de formation. Zéro avance de trésorerie pour vous. Ce mécanisme reposait sur un régime fiscal dérogatoire dont bénéficiaient les OPCO depuis 2007.

L'administration fiscale considère désormais que le client de la prestation de formation, au sens de la TVA, c'est votre entreprise, pas l'OPCO qui la finance. Seule l'entreprise peut déduire la TVA. L'OPCO n'a donc plus de raison fiscale de recevoir la facture ni de la payer.

Le nouveau circuit, pour les dispositifs concernés :

  1. L'organisme de formation facture votre entreprise (en TTC s'il est assujetti).
  2. Votre entreprise règle la facture.
  3. Vous déposez une demande de remboursement sur le portail de votre OPCO, avec le certificat de réalisation et la facture acquittée.
  4. L'OPCO vous rembourse le montant hors taxes. La TVA, vous la récupérez auprès du fisc comme sur n'importe quel achat.

L'opération est neutre à l'arrivée, mais pas en trésorerie : pour une formation à 1 000 € HT, vous décaissez 1 200 € TTC, puis vous attendez le remboursement OPCO d'un côté et la récupération de la TVA de l'autre. Pour une TPE qui enchaîne plusieurs formations, l'avance peut peser.

Ce qui reste en subrogation

Deux grands cas de figure conservent le paiement direct chez la plupart des OPCO :

  • Les contrats d'apprentissage. Les prestations des CFA sont hors du champ de la TVA : la subrogation continue, et les factures des CFA échappent même à l'obligation de facturation électronique chez plusieurs OPCO.
  • Le plan de développement des compétences des entreprises de moins de 50 salariés, à condition qu'il soit financé à 100 % par l'OPCO, sans cofinancement. Un dossier PDC -50 qui mobilise aussi du FNE-Formation ou un versement volontaire bascule dans le nouveau circuit.

Perdent la subrogation à peu près partout : les contrats de professionnalisation, les périodes de reconversion, les actions sur fonds conventionnels ou versements volontaires, et tous les dossiers cofinancés (FSE+, FNE-Formation, PIC-IAE).

Chaque OPCO a ensuite ses propres nuances. Atlas maintient aussi ses actions collectives campusAtlas, Opco EP son catalogue Sélexion et les POE, OCAPIAT ses achats directs et ses conventions Magestic. OPCO 2i fait cavalier seul : il annonce vouloir maintenir la délégation de paiement au-delà du 1er octobre, sans avoir encore publié ses modalités.

OPCO par OPCO : les positions officielles

OPCOSubrogation après le 1er octobre 2026Date limite ancien régimeCode de routage facture électronique
AfdasApprentissage + PDC -50 financé à 100 %Dépôt avant le 15/09/2026Pas encore publié
AKTOApprentissage (hors EFT) + PDC -50 à 100 %Engagements avant le 01/10/2026853000982_FORMATION
AtlasApprentissage + PDC -50 (sur demande) + campusAtlasDépôt avant le 15/09/2026851296632_FORMATION
ConstructysTransitoire sans subrogation du 01/10 au 31/12/2026Dossiers complets vers le 15/09/2026533846150_FORMATION
OCAPIATPDC-50 à 100 % + achats directs + conventions MagesticDemandes avant le 01/09/2026844752006_FORMATION
Opco 2iAnnonce le maintien de la délégation de paiementModalités à venirPas encore publié
Opco EPApprentissage + Sélexion et actions individuelles PDC -50 à 100 % + POEDossiers validés avant le 30/09/2026879036895_FORMATION_HORS_APPRENTISSAGE
l'OpcommerceApprentissage + PDC -50 hors cofinancementAccords émis avant le 01/10/2026398522243_Formation
OPCO MobilitésApprentissage + PDC -50 exclusifDemandes avant le 15/09/2026851240499_FORMATION
OPCO SantéNon concerné, subrogation inchangée,854033115_FORMATION
UniformationNon concerné, subrogation inchangée,Pas encore publié

Sur chaque facture en subrogation, le numéro de dossier OPCO doit figurer dans le champ « référence de bon de commande » (BT-13). Les remboursements aux entreprises se font sur le montant net de taxe.

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Ce que vous devez faire avant le 15 septembre

  1. Déposez vos demandes de prise en charge maintenant. La plupart des OPCO instruisent selon les modalités actuelles, subrogation comprise, les dossiers déposés avant le 15 septembre 2026 (avant le 1er septembre chez OCAPIAT, jusqu'au 30 septembre chez Opco EP). Un dossier engagé avant la bascule conserve l'ancien régime jusqu'à son terme.
  2. Équipez-vous pour recevoir des factures électroniques. L'obligation de réception court depuis le 1er septembre 2026 pour toute entreprise assujettie. Si vous n'avez pas choisi de plateforme agréée, votre expert-comptable en propose généralement une.
  3. Anticipez l'avance de trésorerie. Budgétez le TTC, pas le HT, pour les formations prévues après le 1er octobre sur les dispositifs qui perdent la subrogation.
  4. Vérifiez vos codes de routage. Si un dossier reste en subrogation, la facture de l'organisme doit partir vers le bon code de routage OPCO avec le bon numéro de dossier, sinon elle sera rejetée.

Et côté organismes de formation ?

Le changement de destinataire s'impose même aux organismes exonérés de TVA au titre de l'article 261-4-4° du CGI : l'exonération ne change pas, mais la facture part désormais chez l'entreprise cliente, plus chez l'OPCO, sauf dispositifs restés en subrogation. Au programme : mettre à jour ses modèles de facture, collecter les SIREN de ses clients pour l'annuaire, et intégrer le numéro de dossier OPCO en BT-13 quand la subrogation s'applique.

Un dossier de financement mal ficelé dans ce nouveau contexte, c'est un remboursement qui traîne. Simulez d'abord votre budget formation, puis échangez avec un de nos spécialistes en financement public pour sécuriser le montage : dispositif, calendrier de dépôt, circuit de facturation.

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Questions fréquentes

La subrogation OPCO disparaît-elle complètement au 1er octobre 2026 ?
Non. Elle disparaît pour la plupart des dispositifs (contrats de professionnalisation, fonds conventionnels, cofinancements, PDC des 50 salariés et plus), mais elle est maintenue pour les contrats d'apprentissage et, chez la plupart des OPCO, pour le PDC des moins de 50 salariés financé à 100 %. OPCO Santé et Uniformation ne sont pas concernés du tout.
Mon dossier déposé avant octobre 2026 garde-t-il la subrogation ?
Oui dans la quasi-totalité des cas : les engagements pris par l'OPCO avant le 1er octobre 2026 restent régis par l'ancien régime jusqu'à leur terme. Attention aux dates limites de dépôt : 15 septembre chez Atlas, l'Afdas et OPCO Mobilités, 1er septembre chez OCAPIAT.
L'OPCO me remboursera-t-il la TVA ?
Non. Les OPCO remboursent le montant hors taxes. La TVA que vous avez avancée se récupère auprès de l'administration fiscale, par la déduction classique sur votre déclaration de TVA.
Qu'est-ce que le code de routage d'un OPCO ?
C'est l'adresse électronique de l'OPCO dans l'annuaire de la facturation électronique, du type 853000982_FORMATION (AKTO) ou 851296632_FORMATION (Atlas). Il ne sert que pour les dossiers restés en subrogation : l'organisme de formation y adresse sa facture électronique, avec le numéro de dossier OPCO en référence.
La facturation électronique concerne-t-elle les micro-entreprises ?
Oui pour la réception : depuis le 1er septembre 2026, toute entreprise assujettie à la TVA, y compris micro, doit pouvoir recevoir des factures électroniques. L'obligation d'émission ne les touche qu'au 1er septembre 2027.
Les CFA sont-ils concernés par ces changements ?
Très peu. Les prestations des CFA sont hors du champ de la TVA : la subrogation continue sur les contrats d'apprentissage, et plusieurs OPCO (OCAPIAT, Opco EP) excluent explicitement les factures des CFA de l'obligation de facturation électronique au 1er septembre 2026.
Pourquoi OPCO Santé et Uniformation ne sont-ils pas concernés ?
Ces deux opérateurs ont renouvelé leur exonération de TVA. Le communiqué inter-OPCO du 16 avril 2026 le précise noir sur blanc : ils ne sont pas concernés par la réforme. Leurs modalités de paiement, subrogation comprise, restent inchangées.
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Article mis à jour le 2026-08-31 — 1242 mots.

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